Der Verwaltungsrat gehört neben zu den obersten Leitungsorganen der Universität. Der Verwaltungsrat entscheidet über materielle Angelegenheiten und sorgt für den reibungslosen Betrieb von Alma Mater Europaea – ECM.
Vorsitzender: Smiljan Perović
Mitglieder: Tomaž Klojčnik, Msc., Barbara Toplak Perović, Msc., Tina Kavtičnik
Studentenvertreterin: Dragica Korenjak